ドコモメールでは、「docomo LIVE ホーム」のみメールアイコンに未読件数が表示されます。もしユーザーがXperia ホームをお使いなら、ドコモメールのウェジェットをXperia ホームに貼り付ければ、OKです。
未読件数が膨大にあるメールアカウントの場合
アイコンに表示されるのが嫌な場合は、逆にXperiaホームでアイコンバッジを表示させないようにできます。バッジの表示は、「いちいち消すのが面倒だ!」というユーザーもいるので、場面場面によって使いこなしましょう。
アプリでは、「Nova Launcher Prime」というアプリが、メールアイコンの設定が可能なので検討してみてはいかがでしょうか?(価格600円)